深層溫泉水是非常不穩定的水源長期經地層壓力擠壓及未曾接觸氧氣而氧化的條件下，經解壓、氧化及溫度變化下而產生結垢或腐蝕的狀態。而溫泉水之輸送管結垢層的化學組成比較複雜，是由多種化合物混合組成，但都以某 些化學成份為主，可分成碳酸鈣垢、硫酸 鈣垢、矽酸鹽垢和氧化鐵垢幾類，而其中又以碳酸鈣垢為主要垢層由碳酸鹽溫泉沉澱潛勢分析所得之結果顯示，多數溫泉中過飽和之礦物主要為方石(Calcite)、白雲石(Dolomite)、針鐵礦 (Goethite) 、 赤鐵礦 (Hematite) 、菱鐵礦 (Siderite)、霰石(Aragonite)等。

處理方向建議於原水出水端進行處理，減少溫泉水於輸送管內反應結垢，造成輸送系統障礙，並於井口、輸送管線、加熱系統加裝防垢器及定期清理、清洗等。得以讓管線保持暢通。